Naceu no 1957, despois de ter completado estudos clásicos, licenciouse en órgano, dirección e música sacra na Universidade de Múnic baixo a guía de Gerhard Weinberger e Franz Lehrndorfer. Como director de orquestra recibiu leccións privadas de Eugen Jochum e Claudio Abbado. Dende o 1979 é organista titular da catedral María Himmelfahrt de Landsberg/Lech (Baviera) onde fundou e dirixe o coro e a orquestra de cámara. Con estas agrupacións interpretou as máis famosas misas de Haydn, Beethoven, Schubert, Bruckner e Puccini, ademais da Misa en si menor e Paixón segundo San Mateo de Bach, o Requiem de Mozart, a Misa de Requiem de Verdi, o Requiem Alemán de Bhrams e os oratorios de Handel, Haydn, Mendelssohn e Dvorak. Coma director de orquestra, Skudlik afrontou numerosos concertos e sinfonías de Mozart, Beethoven, Bruckner e Mahler. Coma organista e clavicembalista, tivo numerosos concertos en toda Europa, Islandia, Estados Unidos e Xapón. Gravou trinta discos con órgano, clavicémbalo e música de cámara (entre os que destacan o Requiem de Verdi e Elijah de Mendelssohn coa orquestra sinfónica da Radio Bavaresa de Múnic. Como clavicembalista gravou as Variacións Goldberg e o Clave ben temperado de Bach. Realizou numerosas gravacións para importantes emisoras europeas e americanas, entre as que cabe destacar a Rias de Berlín, a WGBH de Boston, a Bavaria TV e Broadcasting, RAI Uno Italia e a Televisión polaca. Dende 2006 é director artístico da Bayerischer Orgelsommer. Johannes Skudlik é fundador e director do Euro Via Festival.